สวทช. และเครือข่ายพันธมิตร ได้ส่งเสริมและสนับสนุนการพัฒนาชุมชนด้วยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีในพื้นที่ป่าฮาลา-บาลา ตั้งแต่ปี 2542 โดยสามารถแบ่งการดำเนินงานได้เป็น 3 ระยะ
• ระยะแรก พ.ศ.2542-พ.ศ.2547 สำรวจความหลากหลายทางชีวภาพเพื่อการอนุรักษ์และใช้ประโยชน์จากความอุดมสมบูรณ์ของพื้นที่ป่าฮาลา-บาลา โดยค้นพบสิ่งมีชีวิตต่างๆ มากมาย เช่น มดไม้ยักษ์ ใหญ่เป็นอันดับสองของโลก นกเงือก 10 สายพันธุ์ จาก 13 สายพันธุ์ในประเทศไทย กุหลาบผาและกล้วยไม้หายาก เป็นต้น นอกจากนี้ยังเป็นแหล่งเรียนรู้ให้เด็กและเยาวชนในพื้นที่ภายใต้การดำเนินโครงการวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีในโรงเรียนชนบท “ป่า คือ ห้องเรียนวิทยาศาสตร์”
• ระยะที่สอง พ.ศ.2548-พ.ศ.2552 สวทช. ได้ส่งเสริมการวิจัยและพัฒนาเพื่อให้เกิดองค์ความรู้ทั้งทางด้านวิทยาศาสตร์และสังคมศาสตร์ ตลอดจนสร้างโครงสร้างพื้นฐานรองรับการวิจัยด้านความหลากหลายทางชีวภาพ เกิดเครือข่ายวิจัยระดับชาติและนานาชาติ ดังเช่น การจัดตั้ง “หน่วยปฏิบัติการวิจัยร่วมทางธรรมชาติวิทยาป่าพรุและป่าดิบชื้น ฮาลา-บาลา จ.นราธิวาส” การสร้าง “เครือข่ายสถานีวิจัยสัตว์ป่าป่าพรุ-ป่าฮาลา-บาลา” รวมทั้งการจัดตั้งห้องปฏิบัติการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อเพื่อการอนุรักษ์และสร้างอาชีพ เป็นต้น
• ระยะที่สาม พ.ศ.2553-ปัจจุบัน ถ่ายทอดองค์ความรู้ สร้างอาชีพ เพิ่มรายได้และคุณภาพชีวิตจากฐานทรัพยากรชุมชน ดังที่เกิดศูนย์เรียนรู้ชุมชน ถ่ายทอดเทคโนโลยีที่เหมาะสมให้เกษตรกรในพื้นที่ได้เรียนรู้และนำไปปฏิบัติ สร้างรายได้และความเข้มแข็งให้ชุมชน เช่น การปลูกดอกดาหลาแซมสวนยางพารา การเลี้ยงไส้เดือนดิน การเลี้ยงเป็ด การแปรรูปผลิตภัณฑ์ เป็นต้น รวมทั้งเกิดเครือข่ายความร่วมมือระหว่างโรงเรียน ชุมชน และโรงพยาบาล เพื่อสร้างสุขภาวะที่ดีให้กับเด็กและเยาวชนในพื้นที่