Genome -Bruguiera parviflora

Bruguiera parviflora

Genome assemblies Post Date: 18/10/2022

Local name: ถั่วดำ

ชื่ออื่น: ถั่วทะเล (ระนอง); รังกะแท้ (ใต้); ลังกะได, หนังกะได (มลายู-ใต้)

Location: Ranong, Thailand

Method: HiC assembly

Assembly level: Chromosome

BioProject: PRJNA698764

Genome sequence: JAFFZT000000000

Annotation Data (Download): gff3, CDS, Protein

Publication: A chromosome-scale reference genome assembly of yellow mangrove (Bruguiera parviflora) reveals a whole genome duplication event associated with the Rhizophoraceae lineage

ลักษณะทั่วไป: ไม้ยืนต้นขนาดเล็กถึงกลาง สูง 10-20 ม. โคนต้นมีพูพอน ผิวเปลือกบริเวณโคนต้นมีจุดสีขาวแต้ม เรือนยอดแคบกลม รูปพีระมิด สีเขียวอมเหลืองรากหายใจยาว 15-20 ซม. เหนือผิวดิน เปลือกสีเทาหรือน้ำตาลเข้ม เรียบถึงแตกเป็นเกล็ด มีช่องอากาศเล็ก ๆ ไม่เด่นชัด

รูปที่ 1 Genomic landscape ของถั่วดำ (Bruguiera parviflora); (a) physical map ของจีโนมถั่วดำทั้ง 18 โครโมโซม เรียงลำดับตามขนาดของโครโมโซม (Mb); (b) ความหนาแน่นของลำดับเบสซ้ำ (Repeat density) บนแต่ละโครโมโซม; (c) ความหนาแน่นของยีน (Gene density) บนแต่ละโครโมโซม; (d) ความหนาแน่นของ Single nucleotide polymorphism (SNP) ในจีโนมถั่วดำ; (e) ค่า GC content บนแต่ละโครโมโซมแสดงด้วยค่าร้อยละของเบส G และเบส C; (f) Syntenic regions ในจีโนมถั่วดำ

รูปที่ 2 ลักษณะทางสัณฐานวิทยา (morphology) ของถั่วดำ; (A) ดอก; (B-C) ฝักและใบ; (D) ราก

นิเวศวิทยา และการกระจายพันธุ์ – ขึ้นในพื้นที่ด้านในของป่าชายเลน และริมฝั่งคลองที่น้ำทะเลท่วมถึงอย่างสม่ำเสมอ พบการกระจายพันธุ์ในบริเวณเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ตลอดถึงหมู่เกาะนิวเฮบริเดส โซโลมอน และตอนเหนือของออสเตรเลีย และการจำแนกหมวดหมู่ใน IUCNRedList นั้น อยู่ในสถานภาพมีความเสี่ยงน้อย (LC)

ใบ – ออกเป็นกระจุกที่ปลายกิ่ง เรียงตรงข้ามสลับตั้งฉาก แผ่นใบรูปรี ขนาด 3-5×7-15 ซม. ปลายใบแหลม ฐานใบรูปลิ่ม ผิวใบสีเหลืองอมเขียว เกลี้ยงทั้งสองด้าน เส้นใบบาง 7 คู่ เห็นทั้งสองด้าน ก้านใบยาว 1.5-2 ซม. หูใบเรียวแหลม ยาว 3-6 ซม. สีเหลืองอมเขียว

ดอก – ออกเป็นช่อกระจุกที่ง่ามใบ ช่อละ 3-7 ดอก ก้านช่อดอกยาว 1.8-2.2 ซม. ดอกย่อยสีเหลืองอมเขียว ก้านดอกย่อยยาว 0.6-1.5 ซม. กลีบเลี้ยงโคนเชื่อมติดกันเป็นหลอดรูปท่อ ยาว 0.7-0.9 ซม. สีเหลืองอมเขียว มีสันตามยาว ปลายแยกเป็นแฉกสั้น ๆ 8 แฉก กลีบดอก 8 กลีบ รูปขอบขนานยาว 0.1-0.2 ซม. ขอบกลีบมีขน ปลายกลีบมีขนแข็ง 3 เส้น

ผล – เป็นผลแบบงอกตั้งแต่ยังติดอยู่บนต้น รูปทรงกระบอก ยาว 1.3-2.5 ซม. กลีบเลี้ยงหุ้มผลตรงลำต้นใต้ใบเลี้ยง หรือ “ฝัก” รูปทรงกระบอก ผอม เรียวตรง ขนาด 0.3-0.6×8-18 ซม. ฝักอ่อน สีเขียวและเปลี่ยนเป็นสีน้ำตาลอมเขียวเมื่อแก่

รูปที่ 3 แผนที่แสดงการกระจายตัวของประชากรถั่วดำ (Bruguiera parviflora) ในประเทศไทย; สัญลักษณ์วงกลมแสดงสัดส่วน Admixture ของโครงสร้างประชากรย่อย; (สีเขียว) โครงสร้างประชากรย่อยที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอ่าวไทย; (สีน้ำเงิน) โครงสร้างประชากรย่อยที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอันดามัน

รูปที่ 4 แผนภาพผลการวิเคราะห์โครงสร้างประชากร (population structure) เทียบกับแผนภูมิต้นไม้ (phylogenetic tree) ในประชากรถั่วดำ

จากการวิเคราะห์โครงสร้างประชากร (population structure) และแผนภูมิต้นไม้ (phylogenetic tree) ในประชากรถั่วดำ พบว่าภายประชากรถั่วดำที่ศึกษานั้นถูกแบ่งออกเป็น 2 ประชากรย่อย เมื่อนำอัตราส่วน Admixture ของแต่ละตัวอย่างไปทำการ plot ลงบนแผนที่จะเห็นได้ว่าการแบ่งกลุ่มของประชากรย่อยนั้นค่อนข้างสอดคล้องกับตำแหน่งที่ตั้งของตัวอย่าง โดยเฉพาะประชากรที่อยู่บริเวณฝั่งอันดามันซึ่งลักษณะที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอันดามัน (สีน้ำเงิน) เป็นส่วนมาก มีลักษณะที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอ่าวไทย (สีเขียว) ปนอยู่ในประชากรเพียงเล็กน้อยเท่านั้น ยกเว้นบางตัวอย่างจากจังหวัดพังงาที่มีลักษณะที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอ่าวไทยปนอยู่มากกว่าตัวอย่างอื่น

Chloroplast genome

Accession: MW836113.1

Type: circular

Length: 163228 bp

Publication: Complete chloroplast genome sequences of five Bruguiera species (Rhizophoraceae): comparative analysis and phylogenetic relationships

คำอธิบายภาพ: แผนภาพ Chloroplast genome ของถั่วดำ (Bruguiera parviflora) โดยวงนอกสุดแสดงตำแหน่งที่ตั้งของยีนบน Chloroplast genome ยีนที่แสดงอยู่ด้านนอกของวงจะถูกถอดรหัสในทิศตามเข็มนาฬิกา ส่วนยีนที่อยู่ด้านในจะถูกถอดรหัสในทิศทวนเข็มนาฬิกา โดยยีนที่อยู่ใน functional group ที่ต่างกันจะแสดงด้วยสีที่ต่างกัน; แถบสีเทาเข้มแสดงค่า GC content ส่วนแถบสีเทาอ่อนแสดงค่า AT content ของจีโนม