Genome -Bruguiera cylindrica

Bruguiera cylindrica

Genome assemblies Post Date: 18/10/2022

Local name: ถั่วขาว

ชื่ออื่น : ถั่วแดง, ประสักขาว (จันทบุรี); โปรง, โปรย (มลายู-ใต้); ปรุ้ย (มลายู-สตูล); ลุ่ย (เพชรบุรี)

Location: Ranong, Thailand

Method: 10x assembly & RagTag scaffolding

Assembly level: Chromosome

BioProject: PRJNA725957

Genome sequence: JAGWFP000000000

Annotation Data (Download): gff3, CDS, Protein

Publication: Genetic diversity and population structure of Bruguiera cylindrica along coastal areas in Thailand

เป็นไม้ยืนต้นขนาดเล็ก-กลาง สูง 8-15 เมตร พูพอนน้อย แต่บริเวณโคนต้นพองขยายออก เรือนยอดแน่นทึบ รูปพีระมิด เปลือกสีเทา หรือสีน้ำตาล เรียบ ถึงหยาบเล็กน้อย ตามลำต้นมีช่องอากาศ กิ่งอ่อนสีเขียว มีรากหายใจรูปคล้ายเข่า ยาว 15-20 ซม. เหนือผิวดิน

รูปที่ 1 Genomic landscape ของถั่วขาว (Bruguiera cylindrica); (I) physical map ของจีโนมถั่วขาวทั้ง 18 โครโมโซม เรียงลำดับตามขนาดของโครโมโซม (Mb); (II) ความหนาแน่นของลำดับเบสซ้ำ (Repeat density) บนแต่ละโครโมโซม; (III) ความหนาแน่นของยีน (Gene density) บนแต่ละโครโมโซม; (VI) ค่า GC content บนแต่ละโครโมโซมแสดงด้วยค่าร้อยละของเบส G และเบส C; (V) Syntenic regions ในจีโนมถั่วขาว

รูปที่ 2 ลักษณะทางสัณฐานวิทยา (morphology) ของถั่วขาว; (A-B) ดอก; (C) ใบ; (D) ฝัก; (E) ลำต้น

ใบ – เป็นใบเดี่ยว เรียงตรงข้ามสลับตั้งฉาก แผ่นใบรูปรี ขนาด 3-8 x 7-19 ซม. ปลายใบแหลม ฐานใบรูปลิ่ม ผิวใบด้านบนสีเขียวเข้ม ท้องใบสีจางกว่า เกลี้ยงทั้งสองด้านขอบใบม้วนลง เส้นกลางใบสีเขียว เส้นใบ 7 คู่ ไม่เด่นชัด ก้านใบยาว 1-5.4 ซม. หูใบยาว 3-5 ซม. สีเขียว

ดอก – ออกเป็นช่อกระจุกที่ง่ามใบ ช่อละ 3 ดอก ก้านช่อดอกยาว 0.6-0.9 ซม. ดอกยาว 1-1.4 ซม. สีเขียวอ่อน ก้านดอกย่อยยาว 0.1-0.5 ซม. วงกลีบเลี้ยงรูประฆัง โคนกลีบติดกันเป็นหลอด ขนาด 0.2-0.3 x 0.4-0.6 ซม. ผิวเรียบ สีเขียว ปลายแยกเป็น 8 แฉก กลีบเลี้ยงยาวเท่าหลอด ปลายกลีบโค้งกลับ กลีบดอก 8 กลีบ สีขาว รูปขอบขนานยาว 0.3-0.4 ซม. ปลายแยกเป็น 2 แฉก ขอบกลีบมีขนสีขาว ปลายกลีบมีขนแข็งสีน้ำตาล 2-3 เส้น ยาว 0.1 ซม.

ผล – เป็นผลแบบงอกตั้งแต่ยังติดอยู่บนต้น ผลสีเขียวยาว 1-1.4 ซม. กลีบเลี้ยงหุ้มผลรูปดาว กลีบโค้งกลับ ลำต้นใต้ใบเลี้ยงหรือ“ฝัก” รูปทรงกระบอกเรียวโค้ง ขนาด 0.4-0.6 x 7-14 ซม. เมื่อยังอ่อนสีเขียว และเปลี่ยนเป็นสีน้ำตาลอมเขียวเมื่อแก่ ออกดอกและผลเกือบตลอดปี

ขึ้นในพื้นที่ดินเลนตื้น เหนียว และแข็ง ตามริมชายฝั่ง หรือพื้นที่ที่ถูกเปิดโล่งไม่เหมาะกับพันธุ์ไม้ป่าชายเลนชนิดอื่น

รูปที่ 3 แผนที่แสดงการกระจายตัวของประชากรถั่วขาว (Bruguiera cylindrica) ในประเทศไทย; สัญลักษณ์วงกลมแสดงสัดส่วน Admixture ของโครงสร้างประชากรย่อย; (สีเขียว) โครงสร้างประชากรย่อยที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอ่าวไทย; (สีน้ำเงิน) โครงสร้างประชากรย่อยที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอันดามัน

รูปที่ 4 แผนภาพผลการวิเคราะห์โครงสร้างประชากร (population structure) เทียบกับแผนภูมิต้นไม้ (phylogenetic tree) ในประชากรถั่วขาว

จากการวิเคราะห์โครงสร้างประชากร (population structure) และแผนภูมิต้นไม้ (phylogenetic tree) ในประชากรถั่วขาว พบว่าภายประชากรถั่วขาวที่ศึกษานั้นถูกแบ่งออกเป็น 2 ประชากรย่อย เมื่อนำอัตราส่วน Admixture ของแต่ละตัวอย่างไปทำการ plot ลงบนแผนที่จะเห็นได้ว่าการแบ่งกลุ่มของประชากรย่อยนั้นค่อนข้างสอดคล้องกับตำแหน่งที่เก็บตัวอย่าง นั่นคือ ประชากรที่อยู่ในบริเวณอ่าวไทยจะมีลักษณะที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอ่าวไทย (สีเขียว) มากกว่าลักษณะที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอันดามัน (สีน้ำเงิน)

Chloroplast genome

Accession: MW836110.1

Type: circular

Length: 164297 bp

Publication: Complete chloroplast genome sequences of five Bruguiera species (Rhizophoraceae): comparative analysis and phylogenetic relationships

คำอธิบายภาพ: แผนภาพ Chloroplast genome ของถั่วขาว (Bruguiera cylindrica) โดยวงนอกสุดแสดงตำแหน่งที่ตั้งของยีนบน Chloroplast genome ยีนที่แสดงอยู่ด้านนอกของวงจะถูกถอดรหัสในทิศตามเข็มนาฬิกา ส่วนยีนที่อยู่ด้านในจะถูกถอดรหัสในทิศทวนเข็มนาฬิกา โดยยีนที่อยู่ใน functional group ที่ต่างกันจะแสดงด้วยสีที่ต่างกัน; แถบสีเทาเข้มแสดงค่า GC content ส่วนแถบสีเทาอ่อนแสดงค่า AT content ของจีโนม