Genome -Bruguiera hainesii

Bruguiera hainesii

 Genome assemblies  Post Date : 18/10/2022

Local name: พังกา-ถั่วขาว

Location: Ranong, Thailand

Method:

Assembly level: Chromosome

BioProject:

Genome sequence:

Annotation Data (Download): gff3, CDS, Protein

Publication: Assembly of a hybrid mangrove Bruguiera hainesii and its two ancestral contributors Bruguiera cylindrica and Bruguiera gymnorhiza

ลักษณะทางสัณฐานวิทยา (morphology) ของพังกา-ถั่วขาว; (ซ้าย) ฝัก; (ขวาบน) ดอก; (ขวาล่าง) ราก

Genomic landscape ของพังกา-ถั่วขาว (Bruguiera hainesii); (a) physical map ของจีโนมพังกา-ถั่วขาวทั้ง 36 โครโมโซม เรียงลำดับตามขนาดของโครโมโซม (Mb); (b) ความหนาแน่นของลำดับเบสซ้ำ (Repeat density) บนแต่ละโครโมโซม; (c) ความหนาแน่นของยีน (Gene density) บนแต่ละโครโมโซม; (d) ค่า GC content บนแต่ละโครโมโซมแสดงด้วยค่าร้อยละของเบส G และเบส C; (e) Syntenic regions ในจีโนมพังกา-ถั่วขาว

แผนที่แสดงการกระจายตัวของประชากรของพังกา-ถั่วขาว (Bruguiera hainesii) ในประเทศไทย; สัญลักษณ์วงกลมแสดงสัดส่วน Admixture ของโครงสร้างประชากรย่อย; (สีเขียว) โครงสร้างประชากรย่อยที่ 1; (สีน้ำเงิน) โครงสร้างประชากรย่อยที่ 2

Chloroplast genome

Accession: MW836112.1

Type: circular

Length: 164295 bp

Publication: Complete chloroplast genome sequences of five Bruguiera species (Rhizophoraceae): comparative analysis and phylogenetic relationships

คำอธิบายภาพ: แผนภาพ Chloroplast genome ของพังกา-ถั่วขาว (Bruguiera hainesii) โดยวงนอกสุดแสดงตำแหน่งที่ตั้งของยีนบน Chloroplast genome ยีนที่แสดงอยู่ด้านนอกของวงจะถูกถอดรหัสในทิศตามเข็มนาฬิกา ส่วนยีนที่อยู่ด้านในจะถูกถอดรหัสในทิศทวนเข็มนาฬิกา โดยยีนที่อยู่ใน functional group ที่ต่างกันจะแสดงด้วยสีที่ต่างกัน; แถบสีเทาเข้มแสดงค่า GC content ส่วนแถบสีเทาอ่อนแสดงค่า AT content ของจีโนม

Mangrove genome project
Genome assemblies