Genome -Bruguiera sexangula

Bruguiera sexangula

Genome assemblies  Post Date : 18/10/2022

Local name: พังกาหัวสุมดอกขาว

Location: Ranong, Thailand

Method: 10x assembly + RagTag scaffolding

Assembly level: Chromosome

BioProject: PRJNA734123

Genome sequence: JAHLGP000000000

Annotation Data (Download):  gff3, CDS, Protein 

Publication: De Novo Reference Assembly of the Upriver Orange Mangrove (Bruguiera sexangula) Genome

ลักษณะทางสัณฐานวิทยา (morphology) ของพังกาหัวสุมดอกขาว; (ซ้าย) ฝัก; (ขวาบน) ดอก; (ขวาล่าง) ใบ

Genomic landscape ของพังกาหัวสุมดอกขาว (Bruguiera sexangula); (a) physical map ของจีโนมพังกาหัวสุมดอกขาวทั้ง 18 โครโมโซม เรียงลำดับตามขนาดของโครโมโซม (Mb); (b) ความหนาแน่นของลำดับเบสซ้ำ (Repeat density) บนแต่ละโครโมโซม; (c) ความหนาแน่นของยีน (Gene density) บนแต่ละโครโมโซม; (d) ค่า GC content บนแต่ละโครโมโซมแสดงด้วยค่าร้อยละของเบส G และเบส C; (e) Syntenic regions ในจีโนมพังกาหัวสุมดอกขาว

แผนที่แสดงการกระจายตัวของประชากรพังกาหัวสุมดอกขาว (Bruguiera sexangula) ในประเทศไทย; สัญลักษณ์วงกลมแสดงสัดส่วน Admixture ของโครงสร้างประชากรย่อย; (สีเขียว) โครงสร้างประชากรย่อยที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอ่าวไทย; (สีน้ำเงิน) โครงสร้างประชากรย่อยที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอันดามัน

Chloroplast genome

Accession: MW836114.1

Type: circular

Length: 164170 bp

Publication: Complete chloroplast genome sequences of five Bruguiera species (Rhizophoraceae): comparative analysis and phylogenetic relationships

คำอธิบายภาพ: แผนภาพ Chloroplast genome ของพังกาหัวสุมดอกขาว (Bruguiera sexangula) โดยวงนอกสุดแสดงตำแหน่งที่ตั้งของยีนบน Chloroplast genome ยีนที่แสดงอยู่ด้านนอกของวงจะถูกถอดรหัสในทิศตามเข็มนาฬิกา ส่วนยีนที่อยู่ด้านในจะถูกถอดรหัสในทิศทวนเข็มนาฬิกา โดยยีนที่อยู่ใน functional group ที่ต่างกันจะแสดงด้วยสีที่ต่างกัน; แถบสีเทาเข้มแสดงค่า GC content ส่วนแถบสีเทาอ่อนแสดงค่า AT content ของจีโนม

Mangrove genome project
Genome assemblies