Genome -Ceriops decandra

Ceriops decandra

Genome assemblies  Post Date : 18/10/2022

Local name: โปรงขาว

Location: Ranong, Thailand

Method: 10x assembly + RagTag scaffolding

Assembly level: Chromosome

BioProject: PRJNA734119

Genome sequence: JAHLGO000000000

Annotation Data (Download): gff3, CDS, Protein

Publication:

 

ลักษณะทางสัณฐานวิทยา (morphology) ของโปรงขาว; (ซ้ายบน) ฝัก; (ซ้ายล่าง) ใบ; (ขวา) ลำต้น

Genomic landscape ของโปรงขาว (Ceriops decandra); (I) physical map ของจีโนมโปรงขาวทั้ง 18 โครโมโซม เรียงลำดับตามขนาดของโครโมโซม (Mb); (II) ความหนาแน่นของลำดับเบสซ้ำ (Repeat density) บนแต่ละโครโมโซม; (III) ความหนาแน่นของยีน (Gene density) บนแต่ละโครโมโซม; (VI) ค่า GC content บนแต่ละโครโมโซมแสดงด้วยค่าร้อยละของเบส G และเบส C; (V) Syntenic regions ในจีโนมโปรงขาว

แผนที่แสดงการกระจายตัวของประชากรโปรงขาว (Ceriops decandra) ในประเทศไทย; สัญลักษณ์วงกลมแสดงสัดส่วน Admixture ของโครงสร้างประชากรย่อย; (สีเขียว) โครงสร้างประชากรย่อยที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอ่าวไทย; (สีน้ำเงิน) โครงสร้างประชากรย่อยที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอันดามัน

Chloroplast genome

Accession: NC_061406.1

Type: circular

Length: 166650 bp

Publication: Comparative Analysis and Phylogenetic Relationships of Ceriops Species (Rhizophoraceae) and Avicennia lanata (Acanthaceae): Insight into the Chloroplast Genome Evolution between Middle and Seaward Zones of Mangrove Forests

คำอธิบายภาพ: แผนภาพ Chloroplast genome ของโปรงขาว (Ceriops decandra) โดยวงนอกสุดแสดงตำแหน่งที่ตั้งของยีนบน Chloroplast genome ยีนที่แสดงอยู่ด้านนอกของวงจะถูกถอดรหัสในทิศตามเข็มนาฬิกา ส่วนยีนที่อยู่ด้านในจะถูกถอดรหัสในทิศทวนเข็มนาฬิกา โดยยีนที่อยู่ใน functional group ที่ต่างกันจะแสดงด้วยสีที่ต่างกัน; แถบสีเทาเข้มแสดงค่า GC content ส่วนแถบสีเทาอ่อนแสดงค่า AT content ของจีโนม

Mangrove genome project
Genome assemblies