Genome -Ceriops tagal

Ceriops tagal

Genome assemblies  Post Date : 18/10/2022

Local name: โปรงแดง

Location: Chanthaburi, Thailand

Method: HiC assembly

Assembly level: Chromosome

BioProject: PRJNA698757

Genome sequence: JAGSHU000000000

Annotation Data (Download):  gff3, CDS, Protein

Publication: Chromosome-level genome assembly of the Indian mangrove (Ceriops tagal) revealed a genome-wide duplication event predating the divergence of Rhizophoraceae mangrove species.

ลักษณะทางสัณฐานวิทยา (morphology) ของโปรงแดง; (ซ้าย) ฝัก; (ขวาบน) ดอก; (ขวาล่าง) ใบ

Genomic landscape ของโปรงแดง (Ceriops tagal); (I) physical map ของจีโนมโปรงแดงทั้ง 18 โครโมโซม เรียงลำดับตามขนาดของโครโมโซม (Mb); (II) ความหนาแน่นของลำดับเบสซ้ำ (Repeat density) บนแต่ละโครโมโซม; (III) ความหนาแน่นของยีน (Gene density) บนแต่ละโครโมโซม; (VI) ค่า GC content บนแต่ละโครโมโซมแสดงด้วยค่าร้อยละของเบส G และเบส C; (V) Syntenic regions ในจีโนมโปรงแดง

แผนที่แสดงการกระจายตัวของประชากรโปรงแดง (Ceriops tagal) ในประเทศไทย; สัญลักษณ์วงกลมแสดงสัดส่วน Admixture ของโครงสร้างประชากรย่อย; (สีเขียว) โครงสร้างประชากรย่อยที่ 1; (สีน้ำเงิน) โครงสร้างประชากรย่อยที่ 2

Chloroplast genome

Accession: NC_061404.1

Type: circular

Length: 164432 bp

Publication: Comparative Analysis and Phylogenetic Relationships of Ceriops Species (Rhizophoraceae) and Avicennia lanata (Acanthaceae): Insight into the Chloroplast Genome Evolution between Middle and Seaward Zones of Mangrove Forests

คำอธิบายภาพ: แผนภาพ Chloroplast genome ของโปรงแดง (Ceriops tagal) โดยวงนอกสุดแสดงตำแหน่งที่ตั้งของยีนบน Chloroplast genome ยีนที่แสดงอยู่ด้านนอกของวงจะถูกถอดรหัสในทิศตามเข็มนาฬิกา ส่วนยีนที่อยู่ด้านในจะถูกถอดรหัสในทิศทวนเข็มนาฬิกา โดยยีนที่อยู่ใน functional group ที่ต่างกันจะแสดงด้วยสีที่ต่างกัน; แถบสีเทาเข้มแสดงค่า GC content ส่วนแถบสีเทาอ่อนแสดงค่า AT content ของจีโนม

Mangrove genome project
Genome assemblies