+66 2 5646700 Ext 71441 | noc.th@nstda.or.th
ศูนย์โอมิกส์แห่งชาติ
ศูนย์โอมิกส์แห่งชาติ
Ceriops zippeliana
Genome assemblies Post Date: 18/10/2022
Local name: โปรงหมู
Location: Ranong, Thailand
Method: 10x assembly + RagTag scaffolding
Assembly level: Chromosome
BioProject: PRJNA734101
Genome sequence: JAHLKL000000000
Annotation Data (Download): gff3, CDS, Protein
Publication: A de novo reference assembly of the yellow mangrove Ceriops zippeliana genome
Genomic landscape ของโปรงหมู (Ceriops zippeliana); (I) physical map ของจีโนมโปรงหมูทั้ง 18 โครโมโซม เรียงลำดับตามขนาดของโครโมโซม (Mb); (II) ความหนาแน่นของลำดับเบสซ้ำ (Repeat density) บนแต่ละโครโมโซม; (III) ความหนาแน่นของยีน (Gene density) บนแต่ละโครโมโซม; (VI) ค่า GC content บนแต่ละโครโมโซมแสดงด้วยค่าร้อยละของเบส G และเบส C; (V) Syntenic regions ในจีโนมโปรงหมู
แผนที่แสดงการกระจายตัวของประชากรโปรงหมู (Ceriops zippeliana) ในประเทศไทย; สัญลักษณ์วงกลมแสดงสัดส่วน Admixture ของโครงสร้างประชากรย่อย; (สีเขียว) โครงสร้างประชากรย่อยที่ 1; (สีน้ำเงิน) โครงสร้างประชากรย่อยที่ 2
Chloroplast genome
Accession: NC_061405.1
Type: circular
Length: 166083 bp
คำอธิบายภาพ: แผนภาพ Chloroplast genome ของโปรงหมู (Ceriops zippeliana) โดยวงนอกสุดแสดงตำแหน่งที่ตั้งของยีนบน Chloroplast genome ยีนที่แสดงอยู่ด้านนอกของวงจะถูกถอดรหัสในทิศตามเข็มนาฬิกา ส่วนยีนที่อยู่ด้านในจะถูกถอดรหัสในทิศทวนเข็มนาฬิกา โดยยีนที่อยู่ใน functional group ที่ต่างกันจะแสดงด้วยสีที่ต่างกัน; แถบสีเทาเข้มแสดงค่า GC content ส่วนแถบสีเทาอ่อนแสดงค่า AT content ของจีโนม