ในปัจจุบันปลากระบอกจัดว่าเป็นปลาเศรษฐกิจของเมืองไทย ที่ได้รับความนิยมเป็นอย่างมาก ไม่ว่าจะเป็นร้านอาหารไทยหรือร้านอาหารจีน เนื่องจากปลากระบอกเป็นปลาที่มีรสชาติดีและเป็นที่นิยมของผู้คนจำนวนมาก ซึ่งปลากระบอกที่นิยมเลี้ยงมี 2 ชนิด คือ ปลากระบอกท่อนใต้ (Mugil cephalus) และปลากระบอกดำ (Liza parsia) ซึ่งเดิมใช้ชื่อวิทยาศาสตร์ว่า Mugil dussumieri (C&V) ปลากระบอกทั้งสองชนิดนี้สามารถเพาะขึ้นได้ด้วยวิธีฉีดฮอร์โมนให้วางไข่แล้วทำการผสมเทียม สำหรับประเทศไทยสามารถเพาะปลากระบอกดำได้ที่สถาบันเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง จังหวัดสงขลา ส่วนปลากระบอกท่อนใต้กำลังศึกษาค้นคว้าการเพาะปลาชนิดนี้อยู่ที่สถานประมงน้ำกร่อย คลองวาฬ จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ​ปลากระบอกดำ เป็นปลาที่กินแพลงตอนเป็นอาหาร มีรสชาติดี และมีราคาสูง เหมาะกับการเลี้ยงเชิงพาณิชย์ หรือเลี้ยงกับกุ้งทะเลเพื่อเป็นผลผลิตเสริม อีกทั้งยังช่วยในการควบคุมปริมาณแพลงตอนในบ่อเลี้ยง หรือสามารถเลี้ยงเชิงเดี่ยวได้ ในอดีตตั้งแต่ปี พ.ศ. 2538-2545 มีเกษตรกรให้ความสนใจในการเลี้ยงปลากระบอกดำกันมาก เกษตรกรบางกลุ่มนำปลากระบอกไปเลี้ยงเพื่อใช้เป็นเครื่องมือทางชีวภาพในการปรับปรุงสภาพน้ำให้ดีขึ้น หรือนำไปเลี้ยงร่วมกันกับการเพาะเลี้ยงกุ้ง เพื่อรักษาสมดุลตามธรรมชาติของบ่อเลี้ยงกุ้ง ซึ่งผลผลิตที่ได้ก็คือผลพลอยได้ที่มากับการเลี้ยงกุ้ง และมีเกษตรกรบางกลุ่มนำปลากระบอกไปเลี้ยงเพื่อต้องการให้ปลากระบอกเป็นตัวหลักในการหารายได้ ดังนั้นความต้องการพันธุ์ปลากระบอกดำที่มีคุณภาพจึงมีสูงมาก โดยปัญหาสำคัญที่พบในการเลี้ยงปลากระบอกของไทย คือ ปลากระบอกที่เลี้ยงเป็นพันธุ์ปลาจากธรรมชาติทั้งสิ้นทำให้ได้ลูกปากกระบอกหลายชนิดซึ่งมีการเติบโตอัตราการแลกเนื้อ และความทนทานต่อสภาพแวดล้อมต่างกัน นอกจากนี้จำนวนลูกปลาที่รวบรวมได้ไม่แน่นอนขึ้นอยู่กับฤดูกาลและเครื่องมือที่ใช้รวบรวม ดังนั้นเพื่อให้เกษตรกรสามารถจัดหาลูกปลากระบอกได้แน่นอนทั้งเชิงชนิดพันธุ์และปริมาณ การเพาะเลี้ยงอนุบาลพันธุ์ปลาชนิดนี้ในโรงเพาะฟักจึงเป็นทางเลือกเดียว และหน่วยงานหลักคือกรมประมงได้ดำเนินการพัฒนาการเพาะพันธุ์ปลากระบอกดำมาอย่างต่อเนื่อง จนล่าสุดนักวิชาการกรมประมงศูนย์วิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งเขต 6 (สงขลา) ได้ทำการเพาะพันธุ์ปลาชนิดนี้อย่างจริงจังตั้งแต่ปี พ.ศ. 2562 โดยการเพาะพันธุ์ในครั้งนี้มีแนวโน้มที่จะสามารถผลิตได้มากขึ้น อย่างไรก็ตาม การศึกษาวิจัยหลายๆ ด้านทั้งเพื่อการเพาะพันธุ์ปลาที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น เทคนิคการฟักไข่ การอนุบาลลูกปลาแรกฟัก รวมทั้งเทคนิคต่างๆ ด้านการเลี้ยง เช่นความหนาแน่นที่เหมาะสม รูปแบบการเลี้ยง อาหารและการให้อาหาร เป็นต้น การคัดเลือกโพรไบโอติกจากปลากระบอกดำธรรมชาติ เพื่อนำมาประยุกต์ใช้ในระบบการผลิตปลาในระบบการเลี้ยงก็เป็นการศึกษาวิจัยส่วนหนึ่งที่สามารถเพิ่มประสิทธิภาพการผลิตปลาทั้งในระยะอนุบาล จนถึงระยะปลาวัยรุ่น ซึ่งจะส่งผลต่อประสิทธิภาพการเจริญเติบโตและอัตรารอดตายของปลาเมื่อนำออกไปเลี้ยงเป็นปลาเนื้อในระบบเปิด ทั้งนี้เนื่องจากในการเพาะสัตว์น้ำส่วนใหญ่จะมีการจัดเตรียมระบบน้ำ อุปกรณ์ อาหารรวมทั้งเทคนิควิธีการที่ปลอดเชื้อ ซึ่งเป็นการตัดหรือลดโอกาสการสัมผัสหรือเข้ามาของเชื้อประจำถิ่นทั้งบริเวณผิวหนังและหรือในลำไส้ของปลาในระบบเพาะเลี้ยงซึ่งแตกต่างจากปลาในธรรมชาติมาก โดยแบคทีเรียประจำถิ่นจะมีบทบาทสำคัญในการจัดการความสมดุลของประชากรจุลินทรีย์ในลำไส้ แก่งแย่งพื้นที่ยึดเกาะกับเชื้อก่อโรคและมีศักยภาพเป็นตัวกระตุ้นภูมิคุ้มกันของผู้รับได้ อีกทั้งมีข้อมูลพิสูจน์ว่าหากมีโพรไบโอติกมาเกาะเคลือบที่ผนังทางเดินอาหารและเพิ่มจำนวนในลำไส้ก็จะมีส่วนช่วยเพิ่มการย่อยอาหาร และการดูดซึมให้เป็นไปได้อย่างมีประสิทธิภาพมาก (Merrifield et al., 2010; Newaj Fyzul et al., 2014) ดังนั้นการคัดเลือกแบคทีเรียที่มีศักยภาพเป็นโพรไบโอติกจากปลากระบอกที่อาศัยในธรรมชาติ จึงเป็นขั้นตอนที่สำคัญที่จะได้มาซึ่งชนิดของจุลินทรีย์ประจำถิ่นที่จำเป็นและเหมาะสมที่จะนำไปประยุกต์ใช้เพื่อเสริมลงในน้ำหรือในอาหารให้กับปลากระบอกดำต่อไป จึงเป็นแนวทางการเพิ่มอัตราการรอดชีวิต การเจริญเติบโตให้แก่ปลากระบอกดำในโรงเพาะฟัก และในอนาคตยังสามารถนำไปปรับใช้เสริมในอาหารปลาเพื่อกระตุ้นภูมิคุ้มกันปลาให้สามารถต้านทานการติดเชื้อ และมีความทนทานต่อสภาพแวดล้อมก่อนนำปลาที่เพาะเลี้ยงได้ไปเลี้ยงในบ่อเลี้ยงซึ่งมีเชื้อจุลินทรีย์หลากหลายชนิดรวมทั้งมีเชื้อจุลินทรีย์ก่อโรคต่างๆ ใกล้เคียงกับหรือมากกว่าในสภาพแวดล้อมปลาที่อาศัยอยู่ธรรมชาติ