สำหรับปัญหาผลิตภัณฑ์แปรรูปจากมันสำปะหลังที่ยังมีต้นทุนในการผลิตสูงโดยเฉพาะการผลิตฟลาวมันสำปะหลังสำหรับใช้ในผลิตภัณฑ์อาหาร ซึ่งควรใช้มันสำปะหลังชนิดหวานเนื่องจากมีปริมาณไซยาไนด์ต่ำ แต่เนื่องจากมันสำปะหลังชนิดหวานมีปริมาณการปลูกน้อยและราคาสูงกว่ามันชนิดขม ทำให้ต้นทุนการผลิตมีราคาสูง ขณะที่การผลิตฟลาวมันสำปะหลังจากมันสำปะหลังชนิดขมที่มีปริมาณไซยาไนด์สูง แม้จะมีข้อได้เปรียบเรื่องราคาวัตถุดิบที่ต่ำกว่า เพราะมีการเพาะปลูกเป็นจำนวนมาก แต่ก็ยังมีข้อจำกัดคือ จำเป็นต้องมีกระบวนการผลิตที่ช่วยลดปริมาณไซยาไนด์ให้ปลอดภัยต่อการนำไปบริโภค ซึ่ง FAO/WHO กำหนดไว้ไม่เกิน 10 มิลลิกรัมต่อกิโลกรัมน้ำหนักแห้ง ปัจจุบันการผลิตฟลาวมันสำปะหลังจากมันสำปะหลังชนิดขมจึงเป็นการผลิตในระดับครัวเรือน ที่ใช้แรงงานในการปอกเปลือกมันสำปะหลังที่มีปริมาณไซยาไนด์สูงออกก่อนนำมาผลิต ทำให้ต้นทุนในการผลิตยังคงสูงอยู่