นอกจากการใช้แผนที่กลยุทธ์ และ Balanced Scorecard เป็นเครื่องมือบริหารระดับองค์กร เพื่อผลักดันการดำเนินงานให้บรรลุเป้าหมายตามแผนกลยุทธ์ฉบับที่ 4 (2550-2554) แล้ว  สวทช. ยังได้มีการประเมิน ติดตาม และ ทบทวนปัจจัยต่างๆ ทั้งภายในและภายนอกที่อาจส่งผลให้ สวทช. ไม่บรรลุเป้าหมายอย่างสม่ำเสมอและนำมากำหนดเป็นกลยุทธ์ประจำปี  เพื่อผลักดันให้เกิดการปรับปรุงกระบวนการทำงานให้แน่ใจว่า สวทช. จะบรรลุเป้าหมายตามแผนในที่สุด โดยจากผลการดำเนินงานใน 2 ปี ที่ผ่านมาพบว่า สวทช. ผลิตผลงานได้มากและบรรลุเป้าหมายเป็นส่วนใหญ่  แต่ยังสามารถถ่ายทอดเทคโนโลยีในเชิงพาณิชย์ได้ไม่มากเท่าที่ควร  ประกอบกับสภาพเศรษฐกิจตกต่ำทั่วโลกในปี 2552 นี้  สวทช.จึงเล็งเห็นว่า การนำผลงานวิจัยไปใช้ให้เป็นประโยชน์เชิงเศรษฐกิจเป็นเรื่องจำเป็นเร่งด่วนสำหรับประเทศ อีกทั้ง สวทช. ต้องดำเนินงานโดยคำนึงถึงการบริหารทรัพยากรอย่างมีประสิทธิภาพ เพื่อให้เพียงพอต่อการดำเนินการได้ต่อเนื่องจนบรรลุผล สวทช. จึงได้กำหนดกลยุทธ์ที่สำคัญในการดำเนินงานประจำปี 2552 ไว้ 3  ด้าน ดังนี้