ซึ่ง สวทช. ร่วมมือกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทางด้านวิชาการและการเรียนการสอนทางวิทยาศาสตร์ เช่น สถาบันส่งเสริมการสอนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (สสวท.) สำนักงานคณะกรรมการ ศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) มหาวิทยาลัยเครือข่าย กระทรวงศึกษาธิการ และองค์กรความร่วมมือแลกเปลี่ยนทางวิชาการแห่งสหพันธรัฐเยอรมนี จัดทำ “โครงการนำร่องมหาวิทยาลัยเด็กประเทศไทย” ขึ้นเป็นครั้งแรกในปี พ.ศ. 2554 โดยปรับใช้หลักสูตรมาจากโครงการ “มหาวิทยาลัยเด็ก เยอรมนี” ที่พัฒนาโดย ศาสตราจารย์ดร.คัทธารีนา โคห์เชอ เฮออิงเฮาส์ (Prof. Dr. Katharina Kphse-Hoinghaus) แห่งทอยโทแล็บมหาวิทยาลัยบีเลเฟลด์ สหพันธ์สาธารณรัฐเยอรมนี ในปี พ.ศ. 2547 และในเวลาต่อมาโครงการนี้ได้ขยายผลไปยังประเทศต่าง ๆ เช่น สาธารณรัฐอาหรับอียิปต์สาธารณรัฐประชาชนจีน รวมถึงประเทศไทย

โดยโครงการมหาวิทยาลัยเด็ก ประเทศไทย ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากโครงการ Chevron Enjoy Science: สนุกวิทย์ พลังคิด เพื่ออนาคต ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2558 ถึงปัจจุบันมีเครือข่ายพันธมิตรได้แก่ มหาวิทยาลัย 19 แห่งทั้งในส่วนกลางและภูมิภาค สสวท. และ สวทช. ได้มีการปรับกิจกรรมการทดลองต่าง ๆ ให้เหมาะสมกับบริบทของสังคมไทย จัดเป็นกิจกรรมการจำลองการเรียนรู้เหมือนในมหาวิทยาลัยให้เยาวชนในระดับประถมศึกษาตอนปลายและมัธยมศึกษาตอนต้นได้ร่วมทดลองวิทยาศาสตร์ที่สนุกสนานในสาขาวิชาต่าง ๆ รวมถึงคณิตศาสตร์ ฟิสิกส์ เคมี ชีววิทยา เทคโนโลยีชีวภาพ สร้างทัศนคติที่ดีต่อการเรียนวิทยาศาสตร์และได้พัฒนาทักษะการสังเกต รู้จักตั้งคำถาม และค้นหาคำตอบด้วยตนเอง โดยมีผู้เชี่ยวชาญ นักวิจัย นักศึกษาปริญญาตรี ปริญญาโท และปริญญาเอกเป็นพี่เลี้ยงคอยให้คำแนะนำระหว่างทำกิจกรรม ซึ่งจะมีความหลากหลายและจัดขึ้นตามมหาวิทยาลัยที่ร่วม